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病毒研究用水系列四:測序儀用水對結果的影響

瀏覽次數:1085發(fā)布日期:2020-07-03

基因測序技術(shù)是一種基因檢測技術(shù),也被稱(chēng)為DNA測序技術(shù),是進(jìn)行分子生物學(xué)研究和基因改造的基礎,也是解鎖人類(lèi)生命奧秘的重要方式之一?;驕y序技術(shù)發(fā)展了40余年,已在眾多領(lǐng)域被廣泛應用,包括生物的基因組圖譜繪制、物種進(jìn)化演替過(guò)程、表觀(guān)遺傳學(xué)、疾病相關(guān)基因的確定和診斷等等。近年來(lái),基因測序相關(guān)產(chǎn)品和技術(shù)由實(shí)驗室研究演變到臨床使用,為我們理解人類(lèi)生物學(xué)特征和疾病,評估遺傳疾病提供了關(guān)鍵性信息,所以說(shuō)基因測序技術(shù)是下一個(gè)改變世界的技術(shù)毫不為過(guò)。

<span class='bjFfcClass' style='color:red' ><span class='bjFfcClass' style='color:red' >新冠</span></span>病毒研究用水

    在疫情期間,這項技術(shù)得到了更多人的關(guān)注。疫情爆發(fā)初期,在不到一個(gè)月的時(shí)間內,通過(guò)基因測序技術(shù),病毒的基因組序列被公布,為分析病毒的進(jìn)化來(lái)源、致病機制提供了資料。不少?lài)乙舶l(fā)起了患者基因測序計劃,以了解個(gè)人基因對病毒感染反應的影響,這項研究的數據將為患者護理及藥物處方提供信息,未來(lái)還可以幫助疫苗設計,從而拯救更多生命。

基因測序流程

    整個(gè)測序環(huán)節中,從樣品收集到上機測序,水貫穿了包括測序儀的日常清洗維護和試劑配制在內的每一個(gè)環(huán)節。作為一個(gè)*的基礎試劑,水的品質(zhì)對終測序結果會(huì )產(chǎn)生顯著(zhù)影響。水中的雜質(zhì),如無(wú)機鹽、有機物、核酸酶、顆粒物等,不僅會(huì )污染設備,縮短測序儀毛細管的使用壽命,而且還會(huì )降低DNA聚合酶的活性,終干擾測序結果的準確性。

下面這些基因測序經(jīng)常遇到的問(wèn)題很有可能是使用的水有問(wèn)題,快來(lái)看看你有沒(méi)有中招…

Q1:DNA測序樣品用什么溶劑溶解比較好?

溶解DNA測序樣品,使用超純水溶解為宜。

原因: DNA的測序反應的原理其實(shí)就是Taq酶的聚合反應,需要一個(gè)合適的酶反應條件。如果溶解DNA樣品的溶液含有過(guò)多的鹽,會(huì )影響測序反應體系,造成Taq酶的聚合性能下降,干擾測序反應甚至無(wú)法產(chǎn)生信號。

純水應用Tips: 超純水機采用基因測序超純化柱,RephiLe配方填料的低鎂型純化柱,可以特異性去除水中的鎂離子,降低空白本底對測序反應體系的影響。

Q2:測序結果怎么沒(méi)有峰圖呢?

原因:模板被降解,罪魁禍首可能是測序使用的水中含有核酸酶。

純水應用Tips: 制備超純水的超純水機需要帶有終端濾器,如樂(lè )楓生物的RephiBio終端濾器,可以去除DNA酶和RNA酶。

Q3:為什么測序峰圖出現了“瀑布效應”?

瀑布效應

“瀑布效應”是基線(xiàn)突然從高處下降的現象。

原因:樣品被有機物污染,有機物會(huì )被激發(fā)產(chǎn)生熒光,抬高基線(xiàn)。

純水應用Tips: 使用帶有TOC檢測系統的超純水機,如樂(lè )楓Genie系列智能超純水系統,有機物含量低于5 ppb,采用全氧化法設計的TOC在線(xiàn)監測系統,在線(xiàn)監測TOC含量,符合ISPE制藥工程指南 / 美國藥典USP等標準對于TOC檢測的要求。

Q4:“釘子峰”如何避免?

釘子峰

“釘子峰”是A、T、C、G四個(gè)顏色的峰都被突然拔起,形成的尖銳峰形。

原因: 溶液中可能存在氣泡或者顆粒,氣泡和顆粒對激光全反射,形成“釘子峰”。

純水應用Tips: 純水機取水口配備0.22μm的終端濾器,測序之前使用超聲波對超純水進(jìn)行脫氣可以有效地防止“釘子峰”。

    樂(lè )楓生物Genie系列智能純水系統以穩定的水質(zhì)、智能的操作系統充分滿(mǎn)足基因測序用水需求,在諸多應用到測序儀的實(shí)驗室常常會(huì )看到樂(lè )楓生物Genie系列智能超純水系統的身影。華大基因海外“火眼實(shí)驗室”采用的超純水機是Genie 系列的超純水系統。

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